Η ΣΑΤΜ-ΜΓ συντονίζει δύο Διατμηματικά Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών:
Η ΣΑΤΜ-ΜΓ συμμετέχει ως Συνεργαζόμενη Σχολή στα ακόλουθα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ):
Πολεοδομία-Χωροταξία
Συντονίζουσα Σχολή Αρχιτεκτόνων Μηχανικών ΕΜΠ
Επιστήμη και Τεχνολογία Υδατικών Πόρων
Συντονίζουσα Σχολή Πολιτικών Μηχανικών ΕΜΠ
Ναυτική και Θαλάσσια Τεχνολογία και Επιστήμη
Συντονίζουσα Σχολή Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών ΕΜΠ
Προστασία Μνημείων
Συντονίζουσα Σχολή Αρχιτεκτόνων Μηχανικών ΕΜΠ
Μαθηματική Προτυποποίηση σε Σύγχρονες Τεχνολογίες & την Οικονομία
Συντονίζουσα Σχολή Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών ΕΜΠ
Σχεδιασμός και Κατασκευή Υπογείων Έργων
Συντονίζουσα Σχολή Μεταλλειολόγων Μεταλλουργών Μηχανικών ΕΜΠ
Επιστήμη Δεδομένων και Μηχανική Μάθηση
Συντονίζουσα Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών & Μηχανικών Υπολογιστών ΕΜΠ
Θεωρητική και Εφαρμοσμένη Γεωπολιτική Ανάλυση στις Διεθνείς Σχέσεις και τη Στρατηγική
Διϊδρυματικό ΠΜΣ – Συντονίζον το Τμήμα Τουρκικών Σπουδών και Σύγχρονων Ασιατικών Σπουδών του ΕΚΠΑ
